Do rất nhiều cánh rừng rậm nhiệt đới bị mất đi, cùng với việc ô nhiễm do khai thác mỏ và sử dụng thuốc trừ sâu, săn bắt trái phép khiến loài chim này bị đe dọa. Năm 2010, chúng bị liệt kê vào loài cực kỳ nguy cấp với số lượng chỉ từ 180 tới dưới 500 con còn lại ở Philippines. Để bảo tồn loài chim nguy cấp này, nhiều khu bảo tồn thiên nhiên cùng với những trung tâm bảo tồn trong tình trạng nuôi nhốt được thành lập. Pháp luật ở Philippines cũng quy định phạt tù rất nặng đối với những hành vi săn bắt đại bàng Philippine.